Die Geschichte Beginnt auf der sogenannten Insel des Schicksals. Auf dieser Insel Leben 3 Freunde: der dauer fröhliche Sora, sein ernster, bester Freund Riku und die gutherzige Kairi, gemeinsam geniesen sie ihr ruhiges Leben auf der Insel. Jedoch eines Tages wird die Insel von kleinen schwarzen wesen angegriffen, sogenannten "Herzlose". Die Drei werden von einander getrennt, während des Angriffs erscheint in Soras Hand plötzlich ein Schwert in Form eines Schlüssels. Mit dem versucht er die Herzlosen zu bekämpfen, jedoch wird er letztlich von der Finsternis übermannt. Als er wieder aufwacht findet er sich in einer Stadt namens Traverse wieder und erfährt dort von keinem anderen als dem Protagonisten von Final Fantasy VIII, Squall Leonard, dass Sora der Auserwählte des Schlüsselschwerts ist, und somit der einzige ist, der den Herzlosen wirklich schaden kann und dass es seine Aufgabe ist, in allen Welten die Herzlosen zu vertreiben. bevor er loszieht trifft er auf niemand geringeres als Goofy und Donald. Die Drei Freunden sich und gemeinsam ziehen sie nun los um einmal die Herzlosen zu bekämpfen und zum anderen Riku und Kairi zu finden.